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ctDNA监测有望为晚期ER+调理耐药后进展提供早期预警。

以前十年中，晚期雌激素受体阳性（ER+）乳腺癌取得了要紧进展[1]。内分泌调理及细胞周期卵白依赖性激酶4/6抑遏剂（CDK4/6i）的发展和诓骗显赫延迟了患者无进展活命期（PFS）和总活命期（OS），但耐药性仍然难以幸免[2-4]。PI3K/AKT/mTOR（PAM）信号通路的过度激活可能是内分泌调理、化疗以及靶向调理耐药的要紧机制之一，其与患者的不良预后密切运筹帷幄，对临床调理有缠绵具有显赫影响[5,6]。

肿瘤组织活检一直是临床基因组检测的金表率，但连年来跟着非侵入性液体活检技巧的发展，尤其是基于轮回肿瘤DNA（ctDNA）的检测，为的早期发现、及时监测和个性化调理提供了新的聘请。基于此，近期一项运筹帷幄通过全外显子组测序（WES）或靶向测序分析了86例ER+乳腺癌患者的配对肿瘤或血液样本，旨在细目与CDK4/6i鸠合内分泌调理耐药性运筹帷幄的基因组转换，并纵向追踪ctDNA中特定突变的水平，从而早期监测乳腺癌进展[7]。

图1 运筹帷幄标题截图

运筹帷幄想象与法子

运筹帷幄东谈主群

运筹帷幄纳入2017年-2022年时间于丹麦欧登塞大学病院摄取调理的86例乳腺癌患者。纳入表率为年齿≥18岁、组织学确诊为ER+/HER2−且不成手术的转化性乳腺癌、合适CDK4/6i和内分泌鸠合调理、既往未摄取过CDK4/6i调理。患者摄取随访直至发生疾病进展（PD）、死字或为止数据检索时候（2023年1月30日）。运筹帷幄者每3-6个月监测患者调理反映，并凭阐发体瘤疗效评价表率（RECIST 1.1）细目PD情况。

样本收罗与科罚

开动CDK4/6i鸠合内分泌调理之前，有35例患者摄取了基线空芯针穿刺活检，样分内红两部分，其中一部分用于福尔马林固定石蜡包埋（FFPE），另一部分则保存为清新冷冻材料。大大齐活检样原来自骨（54%），其次是肝脏、乳腺和其他部位。FFPE组织用于评估，包括生物象征物分析和表率组织质地法子。清新冷冻材料用于基因组分析。在基线和/或调理时间，整个患者约每12周蚁合一次血样，并在PD时蚁合了最终血样，在某些情况下还蚁合了组织活检样本（N=5）。关于组织活检和血液样本，运筹帷幄者使用Illumina NovaSeq 6000 平台进行了WES，使用SensiScreen进行靶向测序并使用TSO5000平台进行了液体活检。

图2 运筹帷幄进程

考研遵守

患者特征

为止数据检索日历（2023年1月30日），从86例ER+/HER2−晚期乳腺癌患者中收罗了血浆和肿瘤样本（图2）。整个有配对肿瘤样本的患者（N=5/5）均纳入了WES，独立时聘请了3例仅在调理前进行肿瘤活检的患者（N=3/35）。此外，关于莫得调理前或调理后的肿瘤组织样本但有调理前或调理后血样的患者（N=46），凭证以下表率立时聘请了5例患者进行了TSO500分析：在基线和疾病进展时蚁合血样，并在调理时间至少蚁合一次血样。整个13例患者在分期、接济癌症调理和复发时候方面与总体东谈主群特别。此外，整个13例患者在鸠合CDK4/6抑遏剂和内分泌调理后均出现PD，中位进展时候为16个月（表1），但有1例患者因反作用在死字前2个月住手CDK4/6i调理。1例患者对鸠合CDK4/6i和内分泌调剃头达出原发性耐药性（界说为在转化性环境中调理的前6个月内发生PD）。8例患者在复发时出现了2个或更多的转化灶。在13例患者中，大大齐在肿瘤转化后摄取了CDK4/6i鸠合内分泌调理四肢一线调理（N=11），2例患者在内分泌单药调理后摄取了鸠合调理四肢二线调理。13例患者中有3例在首次会诊时为IV期。WES或靶向测序透露，9例患者（69%）的组织或血样中检测到了PIK3CA突变。

表1 患者基线特征

肿瘤和ctDNA基因组分析揭示可能与鸠合CDK4/6i和内分泌调理耐药性运筹帷幄的突变

为了识别与鸠合CDK4/6抑遏剂和内分泌调理取得性耐药性运筹帷幄的基因组变异，运筹帷幄者对5例患者在调理前（基线样本）和PD后取得的10个肿瘤活检样本的WES数据进行了成对比较。9个样本成效测序，1个活检样本被玷辱，相应的患者被舍弃在成对比较除外（N=4）。变异等位基因频率（VAF）≥0.3且仅在基线或进展样本中独到的单核苷酸变异（SNV）如图3所示。在整个SNV中，66%是错义突变（45/68），7%（5/68）是无义突变或移码突变。尽管患者1-3在进展样本中透深刻显赫加多的突变数目，但未发现致病性突变。在患者4的进展样本中检测到已知的PIK3CA驱动突变p.E542K。关于莫得可用肿瘤样本的患者（N=5），运筹帷幄者使用TSO500靶向基因组测序比较了在基线和疾病进展后取得的ctDNA。患者5-9中，仅在基线或进展样本中独到的SNV如图3B所示，其中错义SNV占大齐（51%，18/35），移码SNV占20%（7/35）（图3B）。所有鸣别出4个可能的致病突变，但其中2个在患者6的基线和进展样本中均存在（TP53 p.R282W和ESR1 p.D538G突变），因此可能与CDK4/6i鸠合内分泌调理后的取得性耐药性无关。在患者5中，仅在进展样本中识别出TP53（p.R282W）和PIK3CA（p.E545K）的致病突变，标明这些可能是调理过程中出现的重生突变或亚克隆，导致取得性耐药。

图3 摄取CDK4/6i鸠合内分泌调理患者的基线或进展样本中漂浮出的特殊基因组变异

此外，运筹帷幄者还通过WES细目了进展样本中独到的拷贝数变异（CNV）（图3C）。患者1、3和4的进展样本中不雅察到PDK1的拷贝数加多，而在基线样本中未见。患者3的进展样本还透露FGFR1/2拷贝数加多，而患者2和4的进展样本透露TOP1、AURKA和SRC拷贝数加多。PDGFRB在患者1和2的进展样本中扩增，而PDGFRA在患者3和4的进展样本中扩增。总体而言，与SNV比较，患者之间的拷贝数加多更常见。此外，运筹帷幄者还探索了在调理前肿瘤DNA和ctDNA中检测到的基因组变异，这些变异在调理后发达出VAF（正或负）的显赫变化，这些可能与鸠合CDK4/6抑遏剂和内分泌调理的耐药性联系（图4）。与耐药性运筹帷幄的变异的VAF测度在调理时间加多，标明耐药亚克隆的聘请性孕育。尽管识别出的大齐变异在基线和进展样本之间变化不大，但不雅察到患者1的SLIT2突变以及患者2的IL10RA、GNB1L、P4HB和ESPNL突变的VAF显赫加多。在患者3中不雅察到PADI6、SIRT6、PIM3和TP53突变的VAF显赫加多。值得防护的是，识别出的TP53突变（p.F270C）可能是致病性的。此外，患者4的TUBGCP6和CASC3突变以及患者6的KAT6A突变在进展后也显赫加多。其余患者（患者7-9）识别的变异透露频率恒定或减少，举例患者7的NCOR1突变以及患者8的CBL和KRAS（p.T50I，非致病）突变不雅察到最显赫的VAF镌汰。患者2、3和8展示了致病性的PIK3CA突变，但其在基线和进展样本中的突变频率相似。患者9中识别的致病性ERBB2突变（p.D769Y）在基线和进展样本之间频率莫得变化。总的来说，一些患者在肿瘤进展后取得了TP53和PIK3CA的驱动突变，这可能与CDK4/6i鸠合内分泌调理的耐药性联系。此外，在进展肿瘤样本中不雅察到几个与肿瘤孕育运筹帷幄的基因发生扩增，标明它们可能有助于CDK4/6i鸠合内分泌调理的取得性耐药性。

图4 CDK4/6i鸠合内分泌调理后不同基因突变VAF的变化情况

PIK3CA突变可用于在ctDNA相接血样检测中监测疾病进展

由于在9对样本中（患者2、3、4、5和8的基线和PD样本）以及在仅在PD时有肿瘤样本的1例患者（患者11）和仅在基线有肿瘤样本的3例患者（患者12、13和14）中通过WES和TSO500检测到PIK3CA突变，运筹帷幄者试图细目是否不错通过在调理时间蚁合的ctDNA相接血样中追踪PIK3CA突变以监测疾病进展。总体而言，不雅察到在9例通过WES和TSO500识别的PIK3CA突变患者中，7例（78%）在CDK4/6i鸠合内分泌调理时间突变VAF徐徐加多（图5）。要紧的是，在患者2、3、11和12中，PIK3CA突变频率分手在进展前17、4、13和5个月显赫加多。此外，还不雅察到1例患者（患者8）基线时PIK3CA突变频率很高，但徐徐减少，最终在进展样本中仅有微弱加多，标明PIK3CA突变在膨大的亚克隆中未抒发。

图5 CDK4/6i鸠合内分泌调理前和调理时间收罗的患者相接血液样本中PIK3CA突变VAF的变化

患者独到的特异性突变也可用于在ctDNA相接血样检测中监测疾病进展

为了评估是否不错使用个体患者的其他特定突变来早期监测疾病进展，运筹帷幄者还评估了在疾病进展样本中频率加多的遴选突变（图3），并特别心情了可能与鸠合CDK4/6i和内分泌调理耐药机制运筹帷幄的突变。运筹帷幄者测试了患者1和2的进展肿瘤样本中通过WES识别的SLIT2突变，以及患者2基线和进展肿瘤样本中发现的GATA3突变（图3）。在患者1进展前3个月蚁合的血样中不雅察到SLIT2 VAF加多（图6）。相同，在患者2进展前3个月蚁合的血样中也发现了SLIT2 VAF加多（图6）。关于患者2的GATA3突变，基线血样中未检测到，但在进展前17个月的血样中不雅察到GATA3 VAF加多，这与PIK3CA突变加多的时候一致（图5）。

图6 CDK4/6i鸠合内分泌调理前或调理时间收罗的患者相接血液样本中SLIT2和GATA3突变VAF的变化

追忆与预测

总而言之，运筹帷幄遵守撑握使用克隆变异（如PIK3CA突变）和患者特异性突变的相接ctDNA分析来及时监测CDK4/6抑遏剂反映和早期监测PD。运筹帷幄通过液体活检分析了鸠合调理进展后出现的致病性突变（如TP53 p.R282W和PIK3CA p.E545K等）和基因扩增（如PDK1、AURKA、TOP1和SRC等）。值得防护的是，PIK3CA突变在疾病进展前3-17个月就可通过ctDNA检测到，比较传统影像学检讨或能更早期预测患者PD。

当今临床中，针对PIK3CA突变以及PAM通路其他运筹帷幄突变的运筹帷幄也正在烈烈轰轰地开展，由于PAM信号通路的特殊激活与不良预后和CDK4/6i以及内分泌调理耐药细巧运筹帷幄，针对这一通路的早期检测和精确调理也显得尤为要紧。跟着多种PAM通路抑遏剂透深刻对PIK3CA突变乳腺癌患者的显赫疗效，这次运筹帷幄遵守或能为早期基因检测及精确用药计谋提供要紧参考。此外，检测时机关于晚期或转化性乳腺癌患者也至关要紧，本运筹帷幄也阐发了ctDNA分析的上风，有助于早期识别与PD运筹帷幄的基因变异，从而更好指令临床调理有缠绵。

参考文件：

[1].Cardoso F, Paluch-Shimon S, Senkus E, et al. 5th ESO-ESMO international consensus guidelines for advanced breast cancer (ABC 5). Ann Oncol. 2020; 31(12): 1623-1649.

[2].Finn RS, Martin M, Rugo HS, et al. Palbociclib and Letrozole in advanced breast cancer. N Engl J Med. 2016; 375(20): 1925-1936.

[3].Hortobagyi GN, Stemmer SM, Burris HA, et al. Overall survival with Ribociclib plus Letrozole in advanced breast cancer. N Engl J Med. 2022; 386(10): 942-950.

[4].Johnston S, Martin M, Di Leo A, et al. MONARCH 3 final PFS: a randomized study of abemaciclib as initial therapy for advanced breast cancer. npj Breast Cancer. 2019; 5: 5.

[5].Nunnery, S. E. & Mayer, I. A. Targeting the PI3K/AKT/mTOR pathway in hormone-positive breast cancer. Drugs 80, 1685–1697 (2020).

[6].Fusco, N. et al. PIK3CA mutations as a molecular target for hormone receptor-positive, HER2-negative metastatic breast cancer. Front. Oncol. 11, 644737 (2021).

[7].Kindt, C. K., Alves, C. L., Ehmsen, S., et al. (2024). Genomic alterations associated with resistance and circulating tumor DNA dynamics for early detection of progression on CDK4/6 inhibitor in advanced breast cancer. International Journal of Cancer, 10.1002/ijc.35126. Advance online publication.

审批编号：CN-146487 过时日历：2025-10-30

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